Το Τμήμα Ναυπηγών Μηχανικών του ΠΑ.Δ.Α. αποτελεί εξέλιξη του Τμήματος Ναυπηγών Μηχανικών Τ.Ε. του ΤΕΙ Αθήνας, το οποίο ξεκίνησε την ακαδημαϊκή του λειτουργία το 1984, με βάση τον ιδρυτικό νόμο 1404/1983 των Τεχνολογικών Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων. Με τους νόμους 2916/2001 και 3549/2007 τα Τεχνολογικά Εκπαιδευτικά Ιδρύματα εντάχθηκαν στην Ανώτατη Εκπαίδευση και απετέλεσαν τον Τεχνολογικό Τομέα αυτής με διακριτό ρόλο από τον Πανεπιστημιακό Τομέα. Στο πλαίσιο του νέου ρόλου των ΤΕΙ, η Συνέλευση του τότε Τμήματος Ναυπηγών Μηχανικών Τ.Ε., τα έτη 2001 και 2008, προέβη στην αναμόρφωση και εκσυγχρονισμό του προγράμματος σπουδών του Τμήματος και καθορίστηκε η αποστολή του Τμήματος, σύμφωνα με το ρόλο της Τεχνολογικής Εκπαίδευσης εντός του πλαισίου της Ανώτατης Εκπαίδευσης. Η επόμενη σημαντική νομοθετική πρωτοβουλία για την ανωτατοποίηση των Τεχνολογικών Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων επιτελέστηκε με το Νόμο 4009/2011, ο οποίος ενέταξε τα Τεχνολογικά Εκπαιδευτικά Ιδρύματα στα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα, ως τον Τεχνολογικό Τομέα της Ανώτατης Εκπαίδευσης στην Ελλάδα και με κοινό καταστατικό χάρτη που ρύθμισε τη λειτουργία τόσο των ΤΕΙ όσο και των Πανεπιστημίων.
Με την ίδρυση του Πανεπιστημίου Δυτικής Αττικής ο νόμος έδωσε το δικαίωμα στους υπάρχοντες φοιτητές είτε να ενταχθούν στο νεο-ιδρυθέν Πανεπιστημιακό Τμήμα είτε να συνεχίσουν και ολοκληρώσουν σπουδές Τεχνολογικής κατεύθυνσης. Το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 το Τμήμα λειτούργησε με ανανεωμένο πρόγραμμα σπουδών διάρκειας οκτώ (8) εξαμήνων που περιελάμβανε μαθήματα που αντιστοιχούσαν σε 240 πιστωτικές μονάδες (ECTS). Ο Νόμος 4610/2019 (άρθρο 66, παρ. 1) έδωσε στο Τμήμα τη δυνατότητα να ορίσει τη διάρκεια σπουδών σε δέκα (10) ακαδημαϊκά εξάμηνα με μαθήματα που αντιστοιχούσαν σε 300 ECTS. Βάσει αυτού, το Τμήμα προχώρησε στη δημιουργία νέου πενταετούς προγράμματος προπτυχιακών σπουδών, το οποίο εγκρίθηκε από τη Σύγκλητο του Πανεπιστημίου (ΦΕΚ 2323/τ. Β’/13.6.19) και άρχισε να εφαρμόζεται από το ακαδημαϊκό έτος 2019-2020. Να σημειωθεί ότι δεν υπήρξαν απόφοιτοι του Πανεπιστημιακού Τμήματος, μετά τη δημιουργία του Πανεπιστημίου Δυτικής Αττικής, που ολοκλήρωσαν πρόγραμμα σπουδών οκτώ εξαμήνων. Όλοι οι μέχρι σήμερα απόφοιτοι του Πανεπιστημιακού Τμήματος παρακολούθησαν πρόγραμμα δέκα εξαμήνων.